(1)審核目的不同。內審從改善內部管理的角度出發，通過對發現的問題采取相應糾正、預防措施，推動質量改進；外審是通過對實驗室的質量管理體系進行合格評定，確定實驗室具備相應的能力，從而為實驗室提供認證或其他服務。

　　(2)審核組的組成不同。內審以實驗室自己的名義組成審核組，由實驗室最高管理者聘任有資格的人員和有關人員實施；外審是第三方認可機構或客戶委派審核組，實驗室認可由經認可機構考核確認的有資格的人員實施。

　　(3)審核計劃不同。內審可編制年度滾動計劃，每月審核一個或幾個要素，半年或一年覆蓋全部要素或部門；外審是短期內審核所有有關部門和要素的現場評審計劃。

　　(4)樣本量和審核深度不同。內審時間充裕，抽取樣本量大，審核較深。外審時間短，抽取樣本量和深度相對較小。

　　(5)不符合項分類不同。內審的不符合項按性質分類，可分為體系性不符合、實施性不符合、效果性不符合。外審的不符合項按嚴重程度分類，分為基本符合但有缺陷、不符合。

　　(6)審核員對糾正措施的處置不同。內審對糾正措施不作具體咨詢，但可提方向性意見供參考，內審員對完成情況需跟蹤和驗證。外審對糾正措施不能作咨詢，對整改計劃的落實要經審核組長認可，若為不符合項，還可派人到實驗室復查。